事业单位职工病假连续三个月以上是否扣除绩效工资，需结合单位合法有效的规章制度及病假性质综合判断。
事业单位职工病假连续三个月以上是否扣除绩效工资，需根据单位规章制度及病假合规性确定。

1. 若单位规章制度明确规定“连续病假三个月以上扣除绩效工资”，且该制度经民主程序制定并公示：此时需按制度执行，但制度内容不得违反国家关于病假工资的强制性规定（如不得低于当地最低工资标准的80%）。
2. 若职工病假未按单位规定程序申请（如未提交正规医疗证明、未获单位批准）：单位可依据规章制度认定为“擅自缺勤”，进而扣除绩效工资。
3. 若单位无明确绩效扣除规定，或规定未依法制定：则不得随意扣除职工绩效工资，需按国家病假工资标准支付。
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针对事业单位职工病假连续三个月以上的绩效扣除问题，可依据《劳动合同法》及事业单位相关规定分析。
《中华人民共和国劳动合同法》第四条规定：“用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。”

若事业单位关于“连续病假三个月以上扣除绩效工资”的规定符合上述程序，且内容未违反《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第59条“病假工资不得低于当地最低工资标准的80%”的强制性要求，则该规定合法有效，职工需按规定接受绩效扣除；若单位制度未履行民主程序或内容违法，则扣除行为无效，职工有权要求补发绩效工资。
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事业单位职工病假连续三个月以上可能面临以下法律风险：
1. 绩效工资被违法扣除的经济损失风险：例如，单位规章制度未明确规定病假绩效扣除标准，却擅自扣除职工50%的绩效工资，导致职工每月收入减少2000元，累计三个月损失6000元，且单位无法提供合法扣除依据。
2. 证据链缺失导致维权失败的风险：例如，职工因未保留病假申请的批准记录、医疗证明原件，在申请劳动仲裁时无法证明自己的病假符合单位规定，最终仲裁委不支持其补发绩效的请求。

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